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生平
少时家贫，无力购书；十九岁与王采薇成婚，王氏于乾隆四十一年（1776）因病去世，遂入毕沅府中充幕客[5]。父孙勋，弟孙星衡；妻王采薇，子孙廷鐻、孙廞，女孙漪蕙，另有过继嗣子孙籛[6]。
少工词章，与同乡洪亮吉、黄仲则等齐名；后深究经史、文字音训之学，旁及诸子百家，必通其义[7]。又与郝懿行、洪亮吉、毕沅等交游，曾受学于钱大昕、毕沅，并与阮元同学、同门[8]。
科举履历见乡贡举人、附贡生；乾隆五十二年（1787）殿试一甲第二名（榜眼），授翰林院编修，充三通馆校理[9]。乾隆五十四年（1789）散馆，试《厉志赋》时用《史记》典故，和珅疑为别字，置为三等，改部属用；入刑部任主事，为法宽恕，深得阿桂、胡季堂器重，洊升郎中[10]。
乾隆六十年（1795）授山东兖沂曹济道[11]。嘉庆元年（1796）七月，曹南水漫滩溃，单县决口，孙星衍与按察使康基田率人奋战五昼夜，未酿成大祸；不久权按察使[12]。嘉庆四年（1799）丁母忧归里，浙江巡抚阮元聘其为诂经精舍主讲；服阕入都，仍发往山东[13]。
嘉庆十年（1805）补山东督粮道，在山东期间进行古籍考据整理[14]。嘉庆十二年（1807）代理布政使；嘉庆十六年（1811）称病归返[15]。嘉庆十九年（1814）七月，受扬州盐政阿桂聘请，至扬州参校《全唐文》；嘉庆二十年（1815）撰成《尚书今古文注疏》[16]。晚年任钟山书院山长，嘉庆二十三年（1818）卒[17]。
学术与著作
其学术涵盖经史、文字音训、诸子百家，并旁及考据、金石、地理；少工词章，兼擅诗、词与书法[18]。曾辑刊《平津馆丛书》《岱南阁丛书》，著有《尚书今古文注疏》《芳茂山人集》，并有《芳茂山人诗录》[19]。书目中另见《寰宇访碑录》《魏三体石经遗字考》《晏子春秋音义》《问字堂集》等[20]。
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