生平
呂大器之子，祖父呂弸中，外祖父曾幾；弟呂祖儉，族弟陳亮。[3]三任妻子的父親分別為韓元吉、韓元吉與芮燁，妻室為韓復、韓氏、芮氏。有女呂華年、子呂延年，女婿潘景良，另有直系後裔呂蘊。[4]
隆興元年（1163）進士，復中博學宏詞科，調南外宗學教授（職名一作南外宗正司教授）；仕途並有制舉及致仕蔭補。[5]
乾道五年（1169）添差嚴州教授，六年召為太學博士兼國史院編修官、實錄院檢討官。[6]淳熙元年（1174）主管台州崇道觀；二年參與朱熹、陸九淵鵝湖之會；三年召為秘書郎，兼職如前。重修《徽宗實錄》成，遷著作佐郎。[7]
仕歷中包括著作郎、秘書省著作郎、吏部郎官、直秘閣及安撫使司參議官等職，並曾任縣尉、殿中省尚舍奉御、主管宮觀等。[8]奉詔編類《皇朝文海》，淳熙六年書成，賜名《皇朝文鑑》，除直秘閣，主管武夷山沖佑觀。[9]
學術
呂祖謙博學多識，學以關、洛為宗，旁徵博取；為學主明理躬行，反對空談心性，開浙東學派先聲。[10]與朱熹、張栻友善，與二人齊名，時號東南三賢。[11]
著作與編纂
曾參與重修《徽宗實錄》，並奉詔編類《皇朝文海》，成書後賜名《皇朝文鑑》；又輯《近思錄》。[12]著述數十種，主要傳世之作有《書說》三十五卷、《左氏傳說》、《續說》三十二卷、《左氏博議》二十五卷、《歷代制度詳說》十五卷、《麗澤論說集錄》十卷、《詩律武庫》三十卷，以及《東萊呂太史文集》《別集》《外集》三十六卷。[13]此外，著作還包括《少儀外傳》《春秋集解》《古易音訓》《呂氏家塾讀詩記》《東萊呂太史春秋左傳類編》《東萊先生左氏博議》《增修東萊書說》等。[14]文集卷數有異說：一作《東萊呂太史文集》十五卷、別集十六卷、外集五卷，另作《東萊呂太史文集》《別集》《外集》三十六卷。[15]
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